Coimbra, de belangrijkste stad ten zuiden van de rivier de Douro, was enige tijd de residentie van graaf Dom Henrique en Dona Teresa, de ouders van de eerste koning van Portugal, Dom Afonso Henriques, die hier geboren werd. Het was deze laatste koning die de stad in 1131 bij het Portugese grondgebied voegde. Uit deze tijd dateren enkele van de belangrijkste monumenten van de stad: de Sé Velha (oude kathedraal) en de kerken van São Tiago, São Salvador en Santa Cruz, die het religieuze gezag en de verschillende ordes vertegenwoordigen die zich hier vestigden. 

Coimbra was het toneel van de verboden liefde tussen Dom Pedro I (1357-1367) en Dona Inês, een dame aan het hof. Inês werd geëxecuteerd in opdracht van koning Dom Afonso IV, die in deze romance het gevaar zag dat Portugal zich zou onderwerpen aan de heerschappij van Castilië. Hun verhaal, een inspiratiebron voor dichters en schrijvers, vormt nog steeds een belangrijk onderdeel van het rijke erfgoed van de stad. 

Coimbra was in de middeleeuwen de hoofdstad van Portugal, maar het was de Renaissance die de stad transformeerde tot een centrum van kennis, toen Dom João III (1521-1557) besloot de universiteit definitief naar de stad te verplaatsen. Tegelijkertijd werden er talloze colleges opgericht als alternatief voor de officiële vorm van onderwijs.

In de 17e eeuw arriveerden de jezuïeten in de stad en kondigden hun aanwezigheid onmiddellijk aan met de bouw van de Sé Nova (Nieuwe Kathedraal). In de daaropvolgende eeuw verrijkte het koninklijk werk van Dom João V (1706-1750) enkele monumenten van Coimbra, waaronder de universiteit. Dom José I (1750-1777) voerde ook enkele veranderingen door in de stad, onder invloed van zijn minister Marquês de Pombal, met name op het gebied van onderwijs. 

Aan het begin van de 19e eeuw markeerden de Franse invasies en de Portugese liberale oorlogen het begin van een periode van grote onrust die geen grote ontwikkelingen in de stad met zich meebracht. Sindsdien brachten studenten de meeste veranderingen teweeg in Portugals typische universiteitsstad.